Iniciamos definiendo auditoría: según la American Society for Quality Control es: «evaluación planificada, independiente y documentada para determinar el cumplimiento de los requisitos preestablecidos». El Codex Alimentarius, por medio del Comité sobre Sistemas de Inspección y Certificación de Importaciones y Exportaciones de Alimentos, define auditoría como «Examen sistemático y funcionalmente independiente, cuyo objetivo es determinar si las actividades y sus resultados se ajustan a los objetivos previstos». De forma práctica, auditoría puede definirse como el procedimiento sistemático que permite una validación, verificación o reevaluación de un Sistema HACCP.

Para que las empresas puedan implementar efectivamente el Sistema HACCP, es necesario que las decisiones tomadas por el equipo HACCP se fundamenten en evidencias objetivas y en base científica.

Los objetivos que busca cumplir el proceso de auditoría son:

1. Verificar si el Plan HACCP fue elaborado con base científica.
2. Verificar si el Plan HACCP cumple con los elementos del Sistema HACCP.
3. Verificar si el Plan escrito se está́ aplicando en la práctica.
4. Verificar si la aplicación práctica del Plan escrito está alcanzando las metas deseadas, principalmente en lo relativo a la elaboración de productos inocuos y a la salud del consumidor.
5.  Atender a los requisitos de la legislación vigente.
6. Evaluar un proveedor, cuando se pretende establecer un contrato.

La auditoría del Sistema HACCP trae beneficios a las organizaciones: son un aporte para el perfeccionamiento de la empresa, un estudio sobre las conformidades y no conformidades, una oportunidad de mejora de los procesos, seguridad y confianza para la administración de la empresa, una crítica imparcial de los resultados y un proceso útil.

Las auditorías, como parte de la verificación, se realizan para comparar las prácticas reales y los procedimientos del sistema HACCP con aquellos escritos en el plan HACCP. Las Auditorías son evaluaciones sistemáticas e independientes que abarcan observaciones en el lugar, entrevistas y revisión de registros para determinar si los procedimientos y las actividades declaradas en el plan HACCP están implementados en el establecimiento. Esas evaluaciones generalmente son ejecutadas por una o más personas independientes, que no están involucradas en la implementación del sistema HACCP, y las mismas pueden hacerse para cada PCC y/o para el plan como un todo.

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